SIRIUS2の仕様上、内部に保管している記事データをテンプレートファイルに流し込み、HTMLファイルを出力する仕組みとなっています。そのため、生成されたHTMLファイルを手動で編集しても、再度サイト生成を行うと上書きされてしまいます。
特殊な事情がない限り、SIRIUS2上で編集を行っていただきますようお願いいたします。