サイトを確認すると、テンプレートが当てはまっていないサイトになってしまう場合、下記の2点が問題である可能性が考えられます。
アップロードボタンからサーバーに接続し、右側の画面に「styles.css」というファイルが存在するかどうかをご確認ください。もし存在するようであれば「styles.css」ファイルを削除した上で、再度サイト生成・アップロードを行ってみて下さい。