ヘッダー画像編集機能で作成したヘッダー画像が反映されません

画像出力が正しく行われていない可能性が高いです。
ヘッダー画像編集機能でヘッダーを編集した後、
リボンバー上にある「画像出力」ボタンをクリックしてください。

すると下図のように、ファイルの保存画面が表示されますので、
ファイル名を「header.jpg」のままにした状態で保存することで
サイトに反映させることができます。